Prvá zmienka o našej obci pochádza z 19.júna 1294 a spomína sa v listine spišského prepošta Jakuba. Spomína sa pod názvom Wydernik a je spojená s históriou Spišského opátstva. Sídlisko z doby Veľkomoravskej ríše dokumentuje, že toto územie bolo osídlené dávno pred prvou písomnou zmienkou o obci. V roku 1520 patril Vydrník do bratstva farárov Horného Hornádu.
Po zániku Spišského opátstva sa obec v rokoch 1530-1696 dostala do zálohu mesta Levoča. Obyvateľstvo sa tu živilo poľnohospodárstvom a povozníctvom. V roku 1840 zriadilo  biskupstvo na bývalom Leškovom gazdovstve (Leškovec) vo Vydrníku vaňové kúpele s hostincom. Na gazdovstve  sa nachádzalo silné žriedlo minerálno-železitej vody. Kúpele pozostávali z jednoduchého domu, vpredu s hostincom, vzadu s vaňovými boxami . Vedľa bola ubytovňa s altánkom a kolkárňou. Vaňové boxy boli napájané zo žriedla drevenými rúrami a rozvod ručným čerpadlom.  Kúpele zanikli v prvej polovici 20. storočia. V roku 1868 v obci vznikla petícia 21 spišských obcí uhorskému snemu.
Veľký vplyv na rozvoj obce malo dobudovanie železnice v roku 1871. Pri stanici vybudovala v rokoch 1926-1929 firma Lichtensten&Wilczek pílu. Železnica a píla  zamestnávala donedávna podstatnú časť obyvateľov obce. Dominantou obce je klasicistický kostol sv. Šimona a Júdu z roku 1801 postavený na mieste gotického z roku 1398.